ICSI се препоръчва особено за двойки с безплодие, дължащо се на мъжки фактор (нисък брой сперматозоиди, слаба подвижност или необичайна форма), при предишен неуспех с IVF или при проблеми с оплождането. Използва се и когато сперматозоидите се извличат хирургично.